Как запустить ubuntu с внешнего жесткого диска?

Быстрый поиск в Synaptic показывает несколько таймеров здесь, gtimer (выглядит автономно, выглядит несколько вариантов и amers; таймеры), stopwatch выглядит хорошо, gnome-shell-timer (для gnome-shell, вероятно, не будет работаем в Unity), ktimer (имеет множество зависимостей KDE), xfce4-timer-plugin.

Хорошо ли кто-нибудь из них выглядит?

Если они не появятся для вас, даже после apt-get update, возможно, у вас нет всех выбранных компонентов репозитория (основная универсальная ограниченная мультиверсия). См. Эту ссылку для информации о репозиториях https://help.ubuntu.com/community/Repositories/Ubuntu