Вы можете выбрать подмножество с разбиением массива bash, используя следующий фрагмент кода:
#!/bin/bash
a=(`tail -n +2 folders.csv`);
b=("${a[@]:$1:$2}");
for i in "${b[@]}"
do
cp -r master_directory/"$i"/ new_path/;
done
Эта строка b=("${a[@]:$1:$2}"); позволяет передавать 2 аргумента в ваш скрипт и выбирать только папки между этими аргументы, например, если вы наберете:
$ bash script.sh 1 3
сценарий будет выбирать только папки между строкой 1 и строкой 3 (после игнорирования строки заголовка). В вашем случае он выберет 505, 666, 900 папок.