Имея ту же самую проблему в Ubuntu 14.10 / GNOME 3.12.
useGpgAgent уже был установлен как false для меня (на самом деле у меня не было установлен GpgAgent до сих пор), и моя система полностью обновлено, поэтому я боюсь, что решение smCaterpillar не поможет мне.
Я удалил общедоступные и закрытые ключи из .gnupg, установил useGpgAgent и использовалGpgKeytools в соответствии со своими значениями по умолчанию, отключил интеграцию ключей GNOME Thunderbird расширение, и я надеюсь, что подобное, похожее на smCaterpillar, несколько повторных попыток сделает трюк.
EDIT: Мне просто удалось «очистить сохраненную кодовую фразу» из меню Enigmail. Как ни странно, Thunderbird / Enigmail сообщает мне, что он не может удалить пароль, потому что я использую агент GPG для управления паролями. Однако для параметра useGpgAgent установлено значение false, а агент GPG не запущен.