Вы можете использовать команду mv.
Синтаксис:
mv source1 source2 source3 ... sourceN destination
Итак, в вашем случае:
mv .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity .cache \
.dbus .dmrc .mission-control .thumbnails .config/dconf/user \
.compiz* ./.old-gnome-config/
Последнее один - пункт назначения.