У меня это случилось со мной всего несколько дней назад на xenial (16.04). Однако фон был черным. Никаких значков нигде и некоторых приложений не было вообще (я тестировал Evince и Synaptic). Вероятно, после обновления?
В любом случае, я попытался очистить кеш сеанса, но это не помогло. но затем я переустановил xfdesktop4, и я получил его обратно. Немного проще, чем весь бизнес по модернизации. Хотя, конечно, это относится к другой версии.
sudo apt install --reinstall xfdesktop4
Сделал трюк для меня. После перезагрузки.