Как сохранить skype-wrapper в меню обмена сообщениями после его закрытия?

Теперь это невозможно. Вы можете отключить визуализацию (Preference> Display), но на ней будет отображаться статический значок тотема, но окно видео не исчезнет.

с визуализацией:

без Визуализация: