Возможно, мне что-то не хватает, но вы можете просто указать эти папки для rsync:
rsync -Pav /inc1 /inc2 /path/to/backup/folder/
Это создаст:
/path/to/backup/folder/inc1/
/path/to/backup/folder/inc1/inc1.1/
/path/to/backup/folder/inc1/...
/path/to/backup/folder/inc2/
/path/to/backup/folder/inc2/...