На самом деле вам не нужно беспокоиться об изменении idea.sh, который является изменчивым при обновлениях. Существует файл конфигурации, специфичный для пользователя, ~/.IntelliJIdea2016.1/config/idea.jdk (соответственно, изменения в именах), в котором хранится загрузочный JDK.
Официальные ссылки:
Выбор версии JDK, которую запускает IDE в разделе Каталоги, используемые IDE для хранения настроек, кешей, плагинов и журналов