Приложение для управления ежедневной рутины?

Это неудобное, быстрое и грязное решение, которое вы защищаете. Вы больше не можете использовать Nautilus. Если это ваше намерение, тогда лучше удалить его навсегда.

$ sudo apt-get remove nautilus

В противном случае я считаю, что правильным решением является изменение файла defaults.list, расположенного в /usr/share/applications, как

В Ubuntu Xenial 16.04 я прокомментировал исходную строку и заменил nautilus на nemo, например

#inode/directory=nautilus-folder-handler.desktop
inode/directory=nemo.desktop

Затем просто перезапустите Firefox, и вы будете в порядке ...