Если каталог является частью файловой системы, установленной с CIFS (aka samba), и он содержит файл, который является сломанной символической ссылкой, тогда ls не упоминает этот файл. (Я наблюдаю эту ошибку на клиенте CIFS с 14.04.2 LTS и сервером с 12.04.5 LTS.)
Таким образом, каталог не пуст, но (по сравнению с CIFS) у вас нет способа увидеть что. Файл может быть просмотрен только и, таким образом, может быть удален только командой, запущенной на файловом сервере, размещающем эту файловую систему.