У меня была та же проблема.
Я прошел каждое прохождение, которое я смог найти и изменил все те настройки, которые работали для всех остальных. (dconf, разрешения на ~ / .vnx / xstartup, все это)
Оказалось, что я установил слишком много настольных сред, и VNC ему это не понравилось.
Я тестировал i3, kubuntu, gnome, xfce и пару других. Я обнаружил, что как только я установил все эти рабочие столы, я не смог их удалить, даже с apt-get -purge удалить рабочий стол и apt-get autoremove.
Я переустановил Ubuntu и установил только kde, VNC отлично справился с тех пор.