У меня была аналогичная проблема на lubuntu. Я попытался изменить файл /etc/default/keyboard, но это не помогло.
Я думаю, причина в том, что у меня был сменщик макетов в моей системе. Однако добавление numpad:microsoft в поле «Расширенные параметры setxkbmap» в параметрах обработчика макета клавиатуры действительно сработало. Мне даже не пришлось перезагружать X.