Установка Windows будет перезаписывать MBR в любом случае (возникла эта проблема некоторое время назад). Как вы можете заставить его работать, физически отключить диск с помощью Ubuntu, полностью удалив его с вашего компьютера, затем установив Windows на другой диск и снова подключив диск к Ubuntu.
Таким образом вы будете полностью уверены, что MBR будет в порядке, поскольку установщик Windows будет иметь в любом случае на диске с Ubuntu, поскольку он будет отделен от вашего компьютера (но некоторые люди совет, даже более безопасно, чтобы временно сохранить размонтированный диск в отдельной комнате, на всякий случай [не совсем, я просто шучу]).
Таким образом вы получите обе системы, установленные на отдельных дисках. После повторного подключения убедитесь, что вы изменили настройку BIOS - вы хотите запустить загрузку с диска Ubuntu, так как именно там находится GRUB. Обратите внимание: при первой загрузке вы, скорее всего, не сможете загружать Windows. Чтобы исправить это, загрузитесь в свой Ubuntu и запустите sudo update-grub, это должно обнаружить Windows и добавить его в меню загрузки.