Перемещенные рейдовые приводы от корпуса NAS до ubuntu 16.04 - один диск чрезвычайно медленный

Возможно, опция --apparent-size для du будет делать то, что вам нужно:

--apparent-size
       print apparent sizes,  rather  than  disk  usage;  although  the
       apparent  size is usually smaller, it may be larger due to holes
       in (`sparse') files, internal  fragmentation,  indirect  blocks,
       and the like

Это должно устранить зависимость от размеров блоков файловой системы или других метаданных.