Если вы используете bash, вы можете сделать следующее:
$ for i in *WhatEverMatchesYourOriginalDirectories*
do
cd $i
for j in *
do
mv $j ../Target/${i}-${j}
done
cd ..
done
Это приведет к перемещению каждого файла в каталогах, соответствующих первому шаблону в каталоге Target.
С серьезностью вы перезагрузились? Это заставит файловую систему пересчитать, насколько она велика. Есть команда, чтобы сделать это вживую, но я не могу вспомнить, что это сейчас.