Если все скрытые файлы начинаются с точки (.), вы можете сделать
cp .?* /path/to/directory
из каталога, в котором находятся скрытые файлы. Эта команда говорит, что копировать все файлы, начиная с точки (. * *) в указанный каталог. '*' является подстановочным знаком.
.?* требует по крайней мере одного символа после точки «.».