Я всегда использовал следующий
sudo shutdown -a now
или перезагрузился сразу после выключения
sudo shutdown -r now
. Смотря на параметр справки shutdown, он не перечисляет -a as правильная команда, но я мог бы поклясться давным-давно - был прерван или что-то в этом роде. В любом случае, я продолжал использовать это, и он работал все эти годы, но похоже, что shutdown -h теперь правильный вариант.