Почти без сомнения я могу быть уверен, что вы используете Dropbox, который запускает Nautilus в KDE независимо от того, что вы делаете. Если вы хотите, чтобы наутилус ушел, вы можете запустить killall -9 nautilus. Вы даже можете добавить это в приложения запуска KDE и запустить его только в KDE.