Вы имеете в виду, что когда вы активируете gnome-do, он появляется, где обычно находится docky?
Насколько я понимаю, вам нужно будет установить оба приложения. Не беспокойтесь, вы можете отключить док-станции, но все равно добиться эффекта «классного гнома».
Если вам нужна помощь в этом, дайте мне знать, и я отредактирую свой пост с информацией.
PS Я перечитал ваш вопрос и хотел сказать, что они независимые приложения, но сделаны одной и той же компанией и предназначены для того, чтобы быть несколько переплетенными (AKA вы получаете больше функциональности, запустив оба одновременно).