На странице man ecryptfs попытайтесь установить его где-то в качестве обычной папки, а затем выполните команду tar.
sudo -i
mkdir /mnt/usermount 2>/dev/null
cd /
mount -t ecryptfs /home/user /mnt/usermount -o passwd=<your_pass_phrase> no_sig_cache
tar -cvpzf sysbackup-20110821.tar.gz \
--exclude=/sysbackup-20110821.tar.gz \
--exclude=/proc \
--exclude=/lost+found \
--exclude=/sys \
--exclude=/media \
--exclude=/dev /
umount /mnt/usermount
rm -rf /mnt/usermount
Обратите внимание, что я удалил --exclude /mnt, а также создал каталог /mnt/usermount на всякий случай, если у вас его нет.