Почему I3 оставляют окрашенные участки с одного экрана на другой?

Да, если файловая система доступна только для чтения, то настройка режимов в файлах не будет иметь никакого эффекта. Вы можете видеть в /etc/fstab, если файловая система смонтирована только для чтения. Но если у вас ничего нет, вы можете просто создать новую файловую систему для gparted или palimpsest (последняя установлена ​​по умолчанию в Ubuntu и называется Диспетчер дисков или что-то еще).