Перейдите к ~/.gconf/apps/gnome-terminal/Profile/Default
Откройте файл %gconf.xml и найдите имя записи «custom_command». Удалите значение stringvalue и сохраните xml-файл.
<entry name="custom_command" mtime="xxxxxxxxxx" type="string">
<stringvalue>your command here</stringvalue>
</entry>
Надеюсь, это поможет.