В принципе evince можно контролировать через его dbus api. Примером его применения является плагин SyncTeX для gedit, который позволяет упростить редактирование и просмотр исходных файлов латекса в сочетании с evince. С другой стороны, было обнаружено, что сам dbus api разумно изменяется от гнома 2 до 3, и он несколько скрыт, поэтому вам придется вникнуть в источник evince, чтобы найти открытые методы.
Относительно аннотаций : с версии 2.31 evince поддерживает добавление (но не удаление) аннотаций. Эта функция в настоящее время нарушена в версии 3.2 (версия, выпущенная с Ubuntu 12.04) из-за регрессии, но исправление было выпущено вверх по течению.