файл php5.conf в /etc/apache2/mods-enabled имеет несколько строк внизу, которые заставляют php выполнять внутри пользовательского каталога, поэтому в зависимости от вашей конфигурации это может быть и вашей проблемой. Вы можете просто прокомментировать эти строки и перезагрузить apache2