Вам нужен дополнительный пакет, содержащий утилиту для фактического отключения WD, поскольку WD не поддерживает Linux из коробки:
sudo apt-get install usdisks2
sudo udisksctl power-off --block-device /dev/XdY
, где X и Y - буквы соответствующий вашему диску.