Если вы посмотрите на pinta github, он говорит, что для него требуется моно, и что он построен с помощью Gtk #, который использует язык C #. Для C # требуется время выполнения (немного похожее на java), а на Ubuntu это достигается с помощью моно, который представляет собой реализацию с открытым исходным кодом .NET. Итак, совершенно нормально, что это называется «.exe».
Вы можете найти дополнительную информацию о mono pinta github , боюсь, я рассказал вам все, что я можно об этом!