Откройте System Settings, выберите Keyboard. Перейдите на вкладку Shortcuts, щелкните Sound and Media в левом столбце. Для Play (or play/pause) нажмите Audio Play, чтобы изменить горячую клавишу.
Я изменил его на Ctrl + AudioPlay, например, ничего не полезного, просто чтобы быть в стороне.
Теперь (как было сказано ранее) в Clementine, перейдите в раздел Tools -> Preferences -> Global Shortcuts и снимите флажок Use Gnome's shortcut keys. Затем нажмите Play / Pause, чтобы установить новый ярлык и нажмите клавишу Ctrl .