Портативный ubuntu на внутреннем жестком диске и вопрос о переносимости

Попробуйте sed:

sed '/^$/d' file.txt | wc -l

Если у вас есть строки, содержащие только пробелы или вкладки, и если вы хотите игнорировать их также из count:

sed '/^[[:blank:]]*$/d' file.txt | wc -l