Для установки библиотек cuda-6.5 я решил эту проблему, установив драйвер 340.76 отдельно, получив здесь файл запуска установки, а затем установил файл запуска библиотеки cuda, полученный мной здесь.
Когда Я установил библиотеку инструментария cuda, мне пришлось использовать флаг переопределения, поскольку мой компилятор был более новым:
sudo ./cuda_6.5.14_linux_64.run --override
Я проверил установку драйвера с помощью nvidia-smi и что библиотеки cuda правильно установлены путем компиляции запустив make в каталоге ./NVIDIA_CUDA-6.5_Samples/1_Utilities/deviceQuery/, затем запустив ./deviceQuery.
Отмечу, что мне по-прежнему нужно сортировать разрешения установленных библиотек, поскольку процесс установки требует использования root и не устанавливает разрешения, чтобы я мог использовать их в качестве обычного пользователя.