Вам нужно добавить exec и путь исполняемого файла, как упомянул Гёдель. Например: exec /usr/bin/gedit. Я просто попытался сделать то же самое с собственными горячими клавишами GNOME, и, похоже, у меня такая же проблема. Вы пробовали это самостоятельно?
Обновление: кажется, что это происходит только с некоторыми быстрыми клавишами. Я попробовал Super + G, и это не сработало, но CTRL + G для grun отлично работает. Вы видите, что то же самое работает для вас? Может быть, это еще один ярлык должен работать.