Является ли виртуализация в Windows менее интенсивной, чем Wubi? Чем установлен диск?
Возможный ответ (это не случилось со мной, но у меня была несколько схожая проблема, и это помогло.): Переустановите GRUB с живого медиа (для меня это был USB, но вы, возможно, выбрали CD)