Если вы хотите придерживаться bash, выберите символ, который не отображается ни в вашей строке, ни в вашем файле, скажем, @; то:
SALT=`< salt.txt tr '\n' '@'`
sed "s/SALT/$SALT/" wp-config.php | tr '@' '\n' > result.txt
Таким образом, перед заменой newline символы в вашей строке будут изменены на @, а после замены символы @ будут изменены на newlines, так что SALT больше не рассматривается как массив, а как переменная, содержащая длинную строку.