Я нашел решение для этого, ища ответ, чтобы отключить ограничение максимальных индексированных файлов с помощью gnome-do:
Запустить gconf-editor (если не установлен: apt-get install gconf-editor) Перейти к / apps / gnome-do / preferences / Do / FilesAndFolders / FilesAndFoldersPreferences Снимите флажок IncludeHiddenFilesWhenBrowsingВот и все.