Вы можете использовать killall. Самый простой синтаксис:
killall "Process_name"
В вашем случае:
killall "node --harmony app.js"
Потенциал killall заключается в том, что он будет соответствовать точному имени, поэтому нет шансов на убийство другие процессы нежелательны.
Хотя вы можете использовать опцию -r, чтобы выразить процесс как шаблон регулярного выражения, например pkill.
Проверить man killall для получения дополнительной информации.