Это действительно происходит с официальными пакетами Gnome Shell в Ubuntu 11.10 (по крайней мере для меня, в то время, когда я отправляю этот ответ).
Я знаю только исправление для этого: отключение Nautilus от обработки рабочего стола (поэтому, используя это, у вас больше не будет значков на рабочем столе). Для этого установите «dconf-tools»:
sudo apt-get install dconf-tools
Затем запустите «dconf-editor», перейдите в org> gnome> desktop> background и снимите флажок «show-desktop-icons».