Не ключевое, но крошечное различие из коробки без каких-либо изменений, установка Wubi оставит окна в качестве загрузки по умолчанию (поэтому, если вы нажмете власть и уйдете, вы получите Windows), нормальная установка по умолчанию будет установлена на Ubuntu. Из-за этого и вопроса, отмеченного выше, я обычно смотрю на это так. Пользователь Windows, который хочет поиграть с Ubuntu по случаю или посмотреть, как им нравится больше, чем на LiveCD, я рекомендую Wubi. Кто-то, кто устал от Windows, но может нуждаться в доступе к какой-либо старой программе для чего-то важного в какое-то случайное время в будущем, а затем сжимает раздел Windows и делает его полем Ubuntu.