Как я могу создавать разные окна на указанных рабочих пространствах при запуске?

Очень маловероятно, что у вас будет вредоносное ПО, установленное на оборудовании. На самом деле, вы не можете сделать это вообще в Linux, поэтому нам нужно использовать DOS для запуска BIOS. Возможно, кому-то удалось испортить ваш BIOS с помощью MS-DOS или аналогичного, но это маловероятно. Если вы действительно параноик об этом, вы можете повторно запустить свой BIOS.

Но очень легко повредить систему Ubuntu, если у вас есть физический доступ к компьютеру, поэтому переустановка вполне разумна, если вы подозрительны. Это позволит удалить хотя бы все системные вредоносные программы. По-прежнему можно добавить скрипт, который будет запускаться пользователем для шпионажа или аналогичного, но это должно быть довольно легко найти.