Характер пакетов .deb не позволяет вам изменять место установки программ. Вся философия Unix-подобных систем основана на строгом решении: у нас есть отдельное место для конфигураций (/etc/), для библиотек (/var/lib) и т. Д.
Если вы хотите переносите программу, ее необходимо скомпилировать как статическую, по крайней мере, и она не будет обновляться обычным способом.
Было бы лучше нести только пользовательские настройки (найденные в вашем домашнем каталоге).