Чтобы закрыть окно (также со многими открытыми вкладками), используйте эту команду:
wmctrl -a firefox; xdotool key Ctrl+Shift+w
Обратите внимание, что необходимо установить wmctrl и xdotool:
$ sudo apt-get install wmctrl xdotool
См. также этот ответ: Закрыть текущую вкладку firefox с помощью терминала.
Мой ответ немного изменен, потому что Ctrl + Shift + w закрывает окно firefox.
Для всех ярлыков см. Закрыть текущую вкладку firefox с помощью терминала .