Ниже простого кода python будет выполняться это задание.
import re
with open('file') as f:
reg = re.compile(r'"[^"]*"|\([^)]*\)')
for line in f:
print(' '.join(reg.findall(line)))
И еще один через Perl, который использует только регулярное выражение,
$ perl -pe 's/(?:"[^"]*"|\([^)]*\))(*SKIP)(*F)|\S//g;s/^\h+|\h+$|(\h)+/\1/g' file
"foo foo" (bar bar) (19)
"foo foo"