Если вы спрашиваете о том, что код был взломан или добавлены вредоносные исполняемые файлы, единственный способ оставаться по-настоящему безопасным (в паранойе) - это вручную проверить исходный код и скомпилировать его самостоятельно, если у загружаемой версии есть другой вредоносный код.