Предположим, вы не хотите устанавливать пакет k3b-extrathemes. Не может быть никакого практического способа сделать это, но перечислять все пакеты, кроме одного: sudo apt-get install k3b-data k3b-dbg.
Однако вы можете сделать это с некоторой помощью:
sudo apt-get install $(apt-cache --no-generate pkgnames k3b \
| grep -v extrathemes | tr '\n' ' ')
Это не страшно. apt-cache ... возвращает имя пакетов, grep -v PACKAGENAME исключает пакеты, а команда tr заменяет новые строки пробелами.