Одна программа постоянно прерывает весь сеанс Linux. Как я могу использовать эту программу?

Диалоги policykit не связаны с gksu. Вам нужно будет очистить пакет:

    polkit-kde-1

Диалог gtk + появляется из пакета:

    policykit-1-gnome

, если вы случайно удалили его при установке KDE.