Поскольку вы копируете с диска NTFS (с разрешениями, подобными окну), Cygwin по существу «составляет» набор разрешений, подобных UNIX. При копировании файлов в настоящую систему на основе unix эти разрешения становятся актуальными. Поскольку вы используете параметр -p в scp, вы сохраняете разрешения, которые Cygwin «составил». Система приема либо не имеет пользователя с этим UID, либо, по крайней мере, ваша учетная запись пользователя не является той, у которой есть этот UID, поэтому у вас нет разрешения даже видеть разрешения.
Самый простой способ исправить это - взять на себя права на файлы на стороне Linux.
chown $(whoami):$(whoami) ~/somefolder -R
chmod 750 -R ~/somefolder/
с рабочего стола Linux, который даст пользователю rwx permssions, rx в группу, и нет доступа к другим. Или отпустите -p из scp, который должен использовать UMASK вашей учетной записи пользователя для создания новых разрешений на стороне unix