В моем случае не было строки dns=dnsmasq в файле /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf, а /etc/resolv.conf все еще было перезаписано Network Manager, чтобы иметь только nameserver 127.0.1.1
Исправление было для восстановления символической ссылки для правильного обновление:
sudo ln -sf /run/resolvconf/resolv.conf /etc/resolv.conf