Как исправить папки приложений настольных приложений оболочки Gnome в панели запуска

Вы можете попробовать установить Gnome Tweak Tool из Ubuntu Software Center, но я думаю, что у него нет всех опций, доступных в предыдущем названии Appearance.

Вы должны отредактировать код темы, я полагаю.