Я провел некоторое исследование в этой области некоторое время назад - от бесплатных читателей PDF, которые я смог найти, Okular может быть единственным, который поддерживает аннотации, но они хранятся отдельно от файла,
Он также поддерживает инверсию цвета.
Причиной отсутствия «встраиваемых» аннотаций является то, что базовая библиотека для работы с PDF-файлом файлы (poppler) не поддерживают запись аннотаций в документ PDF.