Если вы хотите сделать разработку драйвера с помощью eclipse, вам придется делать это наоборот.
Вам нужно будет догнать automake, autogen, pkg-config и т. д., создать проект autotools и импортировать его в eclipse. Eclipse-cdt должен предложить это, иначе вы пропустили установку «autotools-plugin» (не знаете точное имя, записывая это из памяти).
Просто откажитесь от идеи, что eclipse-cdt может управлять приличным Makefile , C не является Java, к сожалению или к счастью.