Попробуйте, щелкните правой кнопкой мыши по терминалу. Перейдите к Profiles -> Profile Preferencis, затем щелкните левой кнопкой мыши. Появится новое окно.
На вкладке General у вас есть опция Use custom default terminal size. Проверьте опцию и измените размер терминала. Закройте.
Закройте терминал. Открытый терминал. Новый открытый терминал будет иметь размер, указанный вами.