Это происходит из-за различий в файлах конфигурации между StackApplet в 11.04 и 11.10. Чтобы исправить это, удалите ~/.stackapplet и выйдите из системы, затем войдите в систему. StackApplet должен загружаться как обычно, и вам просто нужно добавить свои сайты снова.